La réserve s'étend du rivage jusqu'à une profondeur de cinquante mètres, abritant des mérous, des barracudas, des raies manta et occasionnellement des phoques moines au sein de son système récifal volcanique. La statue du Christ Roi de dix-huit mètres, installée en 1927 sur la falaise surplombant les lieux, sert de point de repère de navigation visible depuis l'Atlantique et marque la limite orientale de la réserve.
La plongée en apnée à Garajau attire aussi bien les débutants que les apnéistes expérimentés car la forme en amphithéâtre naturel de la baie bloque les vents dominants, maintenant des conditions de surface calmes même lorsque l'océan au-delà de Ponta do Garajau est agité. La température de l'eau varie de dix-sept degrés Celsius en hiver à vingt-trois à la fin de l'été, et le substrat volcanique reflète la lumière vers le haut, améliorant la visibilité jusqu'à trente mètres par temps clair. La politique d'interdiction de prélèvement de la réserve, appliquée depuis sa désignation, a permis aux populations de poissons de retrouver des densités rarement observées ailleurs le long de la côte sud de Madère. Les mérous noirs s'approchent désormais des plongeurs à portée de main, et des bancs de bogues se déplacent en nuages coordonnés au-dessus des formations basaltiques.
L'accès à Praia do Garajau nécessite de descendre par un funiculaire ou par un escalier raide creusé dans la falaise, menant tous deux à une petite plage de galets où les excursions de plongée en apnée à Garajau commencent généralement. La plage se trouve dans une crique naturelle abritée par des parois rocheuses sur trois côtés, et la zone centrale de la réserve commence immédiatement au large. Les organisateurs d'excursions proposant des forfaits de plongée en apnée à Garajau fournissent des combinaisons, des masques et des palmes, et la plupart des itinéraires incluent une baignade guidée le long du bord du récif oriental, où le fond marin passe de cinq à quinze mètres sur une courte distance horizontale. Le dénivelé crée des zones d'habitat distinctes : des herbiers marins peu profonds près du rivage laissent place à des rochers recouverts d'algues, puis à de la roche volcanique nue colonisée par des éponges et des coraux mous en profondeur.
Les limites de la réserve sont marquées par des bouées jaunes ancrées à intervalles de cent mètres, et des bateaux de patrouille surveillent le respect de la réglementation sur l'interdiction de pêche. La combinaison de la protection juridique, de l'abri topographique et de l'accès toute l'année a fait de la plongée en apnée à la réserve naturelle de Garajau l'une des expériences marines les plus fiables de Madère, documentée par des études sous-marines menées chaque année depuis 1990.
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